Sejalan perjalanan waktu, pondok pesantren Aljauhariyah mengikuti perkembangan dunia pendidikan sehingga Yayasan Aljauhariyah menerapkan konsep pesantren modern yaitu menggabungkan pendidikan klasik (lebih menekankan pada pendidikan berbasis kitab kuning dan metode tradisional) dengan ilmu pengetahuan umum (modern).
Selain itu pendekatan pembelajaran dengan menerapkan metode belajar yang aktif dan kreatif agar santri dapat menjadi individu yang berpikiran kritis. Untuk mendukung sistem pendidikan berbasis modern, selain masjid sebagai soko guru pondok pesantren, Yayasan juga melengkapi fasilitas belajar santri/siswa meliputi peningkatan gedung (ruang kelas), perpustakaan, laboratorium komputer, asrama, hingga fasilitas olahraga yang memadai.
Lembaga pendidikan yang saat ini di kelola dan dikembangkan Yayasan Aljauhariyah meliputi :
1. Pesantren Tahfidzul Qur’an Aljauhariyah
2. Pesantren Riyadloh Darul Faqih 786
3. Madrasah Aljauhariyah
4. SMP Darul Faqih
5. MA Darul Faqih