Pondok Pesantren Al-Jauhariyah adalah Yayasan Pendidikan yang telah terverifikasi dan validasi badan hukum. Memiliki tujuan mencetak santri yang taat beribadah, berakhlaqul karimah dan mampu beramal baik guna kepentingan kemajuan agama.
Pesantren ini juga membekali para santri dengan pengajian Kitab Kuning, Tahfidzul Qur’an dan keterampilan bermasyarakat serta pendidikan formal, dengan harapan setelah menyelesaikan pendidikan akhirnya dapat menjadikan santri yang berkualitas handal dan mampu berkiprah di masyarakat sesuai penguasaan ilmunya.
Sejalan perjalanan waktu, pondok pesantren Aljauhariyah mengikuti perkembangan dunia pendidikan sehingga Yayasan Aljauhariyah menerapkan konsep pesantren modern yaitu menggabungkan pendidikan klasik (lebih menekankan pada pendidikan berbasis kitab kuning dan metode tradisional) dengan ilmu pengetahuan umum (modern).