Pondok Pesantren Al-Jauhariyah merupakan pesantren salaf yang memiliki kekhasan dalam pengkajian kitab kuning (kitab-kitab klasik) sebagai basis utama pendidikannya. Proses pembelajaran menggunakan metode tradisional khas pesantren seperti sorogan, bandongan (wetonan), halaqah, tahfidz (hafalan), serta mużākarah dan baḥṡul masā’il—metode diskusi ilmiah untuk mendalami permasalahan keagamaan kontemporer. Pesantren ini juga menerapkan sistem madrasah sebagai bagian dari struktur formal untuk mendukung kelengkapan kurikulum pendidikan.
Sistem pendidikan di Al-Jauhariyah tidak hanya menekankan pada aspek kemampuan intelektual seseorang yang berkaitan dengan proses berpikir, belajar, dan pemahaman melalui penguasaan kitab-kitab klasik, tetapi juga fokus pada pembinaan keimanan dan ketakwaan, serta pembentukan karakter Islami yang kuat. Hal ini diwujudkan melalui kehidupan berasrama (pondok) yang terstruktur dan penuh bimbingan, dengan pendekatan personal dari para kyai dan asatidz yang membina santri dalam kehidupan sehari-hari.
Sebagai pelengkap spiritualitas dan pembentukan jiwa santri, Pondok Pesantren Al-Jauhariyah juga menyelenggarakan program “Bimbingan Hikmah”, yaitu kajian ruhaniyah dan penguatan nilai-nilai tasawuf, yang dibimbing secara langsung oleh Pengasuh Pondok. Program ini menjadi pilar penting dalam membentuk santri yang tidak hanya alim dalam ilmu, tetapi juga berjiwa tenang, bijak, dan memiliki kedalaman spiritual.
Dengan sistem pendidikan yang menyeluruh dan berakar kuat pada tradisi pesantren, Pondok Pesantren Al-Jauhariyah berkomitmen melahirkan santri yang berilmu, berakhlak, dan mampu berkontribusi nyata bagi agama, bangsa, dan masyarakat.
Kegiatan Madrasah Aljauhariyah (Pesantren) meliputi :
PENGAJIAN AL-QUR’AN iaitu pengajian Alqur’an BinNadzor 30 Juz dengan berhadapan langsung dan di bimbing langsung oleh ustad.
KAJIAN KITAB KUNING DAN TAKHASSUS Pengajian Kitab Kuning dengan menggunakan sistem Bandungan dan Sorogan. Adapun kitab yang dikaji disesuaikan dengan kemampuan santri itu sendiri.
MADRASAH DINIYAH Sistem ini membagi santri jadi beberapa kelas sesuai dengan Tingkatan kemampuan santri itu sendiri, terdiri dari tingkat Uula, Wustho dan Ulya.
NGAJI PASARAN Program ini merupakan program periodik yang diadakan 3 (tiga) kali setahun, yaitu pada bulan Muharrom, robi’ul awwal dan bulan romadhon.
BIMBINGAN HIKMAH Program ini diberlakukan bagi sntri senior ataupun alumni yang telah mendapatkan izin dan mampu untuk mengikuti bimbingan hikmah di Pondok Riyadloh 786 Darul Faqih, yang akan diijazahkan langsung oleh Pengasuh Pondok.