Seiring dengan perkembangan dunia pendidikan, Pondok Pesantren Al-Jauhariyah senantiasa melakukan penyesuaian dan inovasi dalam sistem pendidikannya. Yayasan Al-Jauhariyah menerapkan konsep pesantren modern, yaitu dengan mengintegrasikan pendidikan klasik (salafiyah) yang menitikberatkan pada pengkajian kitab kuning dan metode tradisional, dengan pendidikan umum modern yang berbasis ilmu pengetahuan, teknologi, dan keterampilan
Untuk mendukung tujuan tersebut, sistem pembelajaran di Al-Jauhariyah dirancang menggunakan pendekatan aktif dan kreatif, yang mendorong santri agar menjadi pribadi yang berpikir kritis, mandiri, dan solutif. Metode ini diharapkan mampu mencetak lulusan yang tidak hanya unggul secara spiritual, tetapi juga kompeten menghadapi tantangan zaman.
Sebagai bagian dari komitmen terhadap pendidikan berbasis modern, Yayasan juga terus meningkatkan dan melengkapi sarana dan prasarana pendidikan, di antaranya:
Lembaga pendidikan yang saat ini di kelola dan dikembangkan Yayasan Aljauhariyah meliputi :
1. Pesantren Tahfidzul Qur’an Aljauhariyah
2. Pesantren Riyadloh Darul Faqih 786
3. Madrasah Aljauhariyah
4. SMP Darul Faqih
5. MA Darul Faqih
Dengan pendekatan pendidikan terpadu ini, Pondok Pesantren Al-Jauhariyah berkomitmen mencetak santri yang berkualitas secara keilmuan, berakhlakul karimah, serta siap berkontribusi positif dalam kehidupan masyarakat dan bangsa.