.
Setiap lembaga atau organisasi selalu memiliki lambang/logo yang merupakan identitas dari lembaga atau organisasi yang bersangkutan. Dalam lambang tersebut tercermin filosofi yang diusung serta tujuan yang ingin dicapai. Demikian halnya Pondok Pesantren Al-Jauhariyah, Balerante, Palimanan, Cirebon yang mempunyai lambang pesantren sebagai berikut.
FILOSOFI WARNA :
WARNA HIJAU : Melambangkan unsur ketenangan dan kedamaian, diharapkan keberadaan Pondok Pesantren Al-Jauhariyah menjadi tempat untuk menenangkan jiwa dan hati para santri pada sang Illahi.
WARNA HITAM : Melambangkan sikap ketegasan arah dan tujuan yang ingin dicapai Pondok Pesantren Al-Jauhariyah di lingkungan pendidikan.
WARNA KUNING : Melambangkan sikap optimis, diharapkan Pondok Pesantren Al-Jauhariyah memiliki santri-santri yang selalu optimis untuk memajukan agama, bangsa dan negaranya.
WARNA PUTIH : Melambangkan sikap kebersihan hati serta ketenangan dalam berpikir. Pengasuh dan para asatidz sangat berhati-hati dalam mendidik dan membimbing para santri agar memiliki akhlak ful karimah.
Tulisan PONPES AL-JAUHARIYAH : Merupakan nama awal didirikannya Pondok Pesantren Al-Jauhariyah yang sekaligus nama lembaga pendidikan.
BINTANG LIMA : 5 Bintang bermakna tauladan Pondok Pesantren Al-Jauhariyah yakni Rasulullah & Keempat Khulafa’urrasyidin.
EMPAT BUAH KITAB TERBUKA SATU : Pondok pesantren Al-Jauhariyah mengakui akan madzhab Empat dan satu yang dianutnya, yaitu madzhab Imam Syafi’i.
BALERANTE, PALIMANAN, CIREBON : Pondok Pesantren Al-Jauhariyah berdomisili di Desa Balerante, Kecamatan Palimanan, Kabupaten Cirebon, Propinsi Jawa Barat.
SEGI LIMA : Bahwa lembaga ini berasaskan Pancasila dan beraqidah Islam Ahlusunnah Wal Jama’ah serta melambangkan Rukun Islam yang merupakan titik tolak dari Pondok Pesantren Al-Jauhariyah, Balerante, Palimanan, Cirebon.
BOLA DUNIA (Indonesia) : Bahwa Pondok Pesantren Al-Jauhariyah bersedia untuk menyebarluaskan Islam ke seluruh penjuru tanah air.
MASJID : Bahwa Pondok Pesantren Al-Jauhariyah merupakan wadah pendidikan dan mencetak pribadi-pribadi muslim yang bersatu dalam tujuan Li I’laa-i Kalimatillah agar benar-benar bertakwa dan beribadah kepada Allah SWT.
TULISAN ARAB : Melambangkan kesalafiyahan yang berarti bahwa Pondok Pesantren didirikan untuk mempertahankan kesalafiyahan (tradisi pondok) agar santri dapat membaca, menulis dan mengerti serta mampu menghafal Alqur’an dengan baik serta mampu menulis dan berbahasa arab.